Κακουργηματική ποινική δίωξη για κατάχρηση ανηλίκων σε ασέλγεια κατά συρροή και κατ’ εξακολούθηση, ασκήθηκε στον πατέρα Αντώνιο, από την Εισαγγελία Πρωτοδικών Αθηνών. Οι καταγγελλόμενες πράξεις φέρεται να έχουν τελεστεί από το Σεπτέμβριο του 2020 έως τον Ιανουάριο του 2022. Τον πατέρα Αντώνιο έχουν καταγγείλει για σεξουαλική κακοποίηση ένας 19χρονος πρώην τρόφιμος της «Κιβωτού» και ένας 15χρονος που φιλοξενείται σήμερα σε δομή της επαρχίας.
Η Εισαγγελία άσκησε ποινική δίωξη και για σειρά πλημμεληματικών πράξεων σε βάρος του πατέρα Αντώνιου και 7 πρώην εργαζομένων στην Οργάνωση. Συγκεκριμένα διώκονται κατά περίπτωση για:
- βαριά σωματική βλάβη ανηλίκων κατά συρροή,
- επικίνδυνη σωματική βλάβη ανηλίκων κατά συρροή,
- απλή σωματική βλάβη κατά συρροή,
- απειλή σε βάρος ανηλίκων κατά συρροή
- έκθεση ανηλίκων σε κίνδυνο κατά συρροή,
- ηθική αυτουργία σε όλες τις παραπάνω πράξεις, αδίκημα που αφορά τον πατέρα Αντώνιο
- συνέργεια σε απλή σωματική βλάβη κατά συρροή που αφορά παιδαγωγό σε δομή Οργάνωσης στην επαρχία.
Η δικογραφία διαχωρίστηκε και αυτή που αφορά την κακουργηματική πράξη της σεξουαλικής κακοποίησης διαβιβάστηκε ήδη σε ανακριτή. Το σκέλος με τα πλημμελήματα επειδή φέρονται να έχουν τελεστεί από τον Απρίλιο του 2018 έως τον Αύγουστο του 2022 οπότε υπάρχει κίνδυνος παραγραφής, θα δικαστεί στο Τριμελές Πλημμελειοδικείο Αθηνών. Από την εισαγγελική έρευνα προέκυψε ενδεχόμενη τέλεση και άλλων αξιόποινων πράξεων, διαφορετικών με τις παραπάνω, που αφορούν άλλα πρόσωπα (τρόφιμους και εργαζόμενους σε δομές της Οργάνωσης), και για αυτό το λόγο αντίγραφα της δικογραφίας αποστέλλονται στις εισαγγελίες Πειραιά και Χίου για τις δικές τους ενέργειες.